Рабочим органом МС НТИ является Секретариат, функции которого выполняет орган государственной власти, руководитель которого председательствует в совете. В настоящее время эту функцию осуществляет Государственный комитет по науке и технологиям Республики Беларусь.
От Исполнительного комитета СНГ взаимодействие с МС НТИ осуществляет советник отдела научно-технического сотрудничества и инноваций департамента экономического сотрудничества Погорнева Татьяна Михайловна, тел.: (7495) 190-54-72, 115035, г. Москва, Софийская набережная, д.34, стр.1
