Совет формируется из руководителей центральных органов исполнительной власти по вопросам агропромышленного комплекса государств – участников Соглашения.
Председательство в Совете осуществляется поочередно каждым государством – участником Соглашения в лице его представителя на основе принципа ротации сроком на один год.
В состав Совета с правом совещательного голоса входит руководитель соответствующего структурного подразделения Исполнительного комитета СНГ, который одновременно является заместителем Председателя Совета.
В состав Совета входят представители девяти государств: Республики Армения, Республики Беларусь, Республики Казахстан, Кыргызской Республики, Республики Молдова, Российской Федерации, Республики Таджикистан, Республики Узбекистан, Украины.
Представители государств, не являющиеся членами Совета, а также представители научных, общественных и иных организаций могут присутствовать на его заседаниях в качестве наблюдателей.