Исходя из существа интеграционных процессов в рамках Содружества, основными направлениями деятельности Совета являются:
- сближение и гармонизация таможенных законодательств, формирование действенных механизмов тарифного и нетарифного регулирования;
- разработка рекомендаций по унификации таможенных правил и процедур, форм документации для обеспечения таможенного контроля и оформления товаров, обращающихся в сфере внешней торговли;
- координация практического взаимодействия таможенных и иных заинтересованных национальных служб и ведомств государств Содружества по основным аспектам таможенной политики;
- организация обмена данными таможенной статистики внешней торговли;
- разработка стратегических программ обеспечения таможенных органов государств Содружества техническими средствами;
- подготовка целевых программ по разработке, производству и внедрению современных технических средств, являющихся составными частями стратегических программ;
- координация взаимодействия таможенных служб по обустройству таможенных границ и т.д.
