Секретариат Совета формируется компетентным органом государства – участника Соглашения об осуществлении совместной деятельности государств – участников Содружества Независимых Государств в области исследования и использования космического пространства в мирных целях от 2 ноября 2018 года, руководитель которого председательствует в Совете.
Государства – участники Соглашения об осуществлении совместной деятельности государств – участников Содружества Независимых Государств в области исследования и использования космического пространства в мирных целях – Республика Армения, Республика Беларусь, Республика Казахстан, Российская Федерация, Республика Таджикистан и Республика Узбекистан.
Секретариат Совета осуществляет организационно-техническое и информационное обеспечение.В состав секретариата Совета входят руководитель секретариата, который является представителем компетентного органа государства-участника Соглашения, формирующего секретариат, заместитель руководителя секретариата, которым является представитель Исполнительного комитета СНГ, другие сотрудники.
Руководитель секретариата и другие сотрудники назначаются руководителем компетентного органа, формирующего секретариат. Заместитель руководителя секретариата назначается Исполкомом СНГ, о его контактных данных информируется компетентный орган, формирующий секретариат.
Сформированный секретариат осуществляет свою деятельность до очередного заседания Совета.
Руководитель Секретариата Межгосударственного совета по космосу на 2023–2024 годы – Вице-президент Национальной академии наук Таджикистана Гулчехра Кохирова.
