В создании НЦФМ принимают участие специалисты «Росатома», учёные из Российской академии наук, МГУ, Курчатовского института и других научных и образовательных организаций. Основой центра станет учебный корпус филиала МГУ, передовые лаборатории и технопарк «Саров», в котором разместятся наукоёмкие производства.
Координировать деятельность НЦФМ и определять направления его развития будет межведомственный совет. В частности, он будет утверждать научную программу и программу развития, обеспечивать взаимодействие органов власти и научных организаций. В центре его внимания будут вопросы развития фундаментальных и прикладных исследований в области математики, физики и вычислительных технологий.
Состав совета будет утверждён отдельным распоряжением Правительства. Соответствующий проект акта Минобрнауки должно представить в кабмин в ближайшие два месяца.